Tema Hari Santri Nasional 2025 adalah "Mengawal Indonesia Merdeka, Menuju Peradaban Dunia". Tema ini mengandung makna:
- Mendorong santri Indonesia untuk menjadi pelaku sejarah baru.
- Membawa nilai-nilai Islam yang damai, adil, dan berkeadaban untuk membangun peradaban dunia.
- Mencerminkan tekad santri untuk menjaga kemerdekaan dan membawa pencerahan bagi peradaban dunia.